对于抗菌药物管理中取消医师处方权的情况：

抗菌药物考核不合格的（A选项），这表明医师在抗菌药物相关知识和应用能力方面存在不足，应取消处方权。

限制处方权后，仍出现超常处方且无正当理由的（B选项），说明医师在被限制处方权后仍未改正不合理处方行为，应取消处方权。

未按照规定开具抗菌药物处方，造成严重后果的（C选项），这种违规开具处方并导致严重后果的行为必须取消处方权。

未按照规定使用抗菌药物，造成严重后果的（D选项），同样因为违规使用抗菌药物且后果严重，应取消处方权。

而仅开具超常处方（E选项），并不直接导致取消处方权。

一般先会对开具超常处方的医师进行警告、限制处方权等措施，如果限制处方权后仍出现超常处方且无正当理由等情况才会取消处方权。

所以这一题答案为E。